В XIV веке с северной стороны церкви было построено несколько часовен, в том числе часовня Святого Юри и Малая часовня, расположенная на месте нынешнего северного входа и соединенная при помощи двух сводов с основным нефом. С южной стороны башни была возведена часовня св. Матфея.
Более основательная реконструкция церкви была проведена в XV веке. В ходе строительных работ 1405 - 1420 годов хоры и вытянутая часть здания приобрели вид, сохранившийся и поныне.
В средние века церковь Нигулисте была одной из самых пышных и красивых церквей города. В начале XVI века здесь было более двадцати малых алтарей. О блеске ганзейских времен и процветании здешних купцов свидетельствуют бесценные произведения искусства, которые были заказаны в крупнейших европейских центрах. Самыми известными из них являются «Танец смерти» Бернта Нотке, мастера из Любека времен позднего средневековья, а также изготовленный в мастерской Гермена Рода грандиозный запрестольный образ главного алтаря, который можно видеть в церкви и сегодня. По сей день мы имеем возможность восхищаться пожертвованной церкви в начале XVI века напольной семисвечной люстрой высотой около четырех метров, входящей в число грандиознейших в мире.
